1. La Naissance : L'Université Libre du Congo (1963)
L'institution voit le jour en 1963, peu après l'indépendance du pays. À l'origine, elle s'appelle l'Université Libre du Congo (ULC). Elle est créée à l'initiative des églises protestantes pour offrir une alternative aux universités de Kinshasa (catholique) et de Lubumbashi (officielle).
2. La Nationalisation et l'UNAZA (1971)
En 1971, sous le régime du Président Mobutu, une grande réforme de l'enseignement supérieur est opérée. Toutes les universités du pays sont fusionnées en une seule entité : l'Université Nationale du Zaïre (UNAZA).
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L'établissement de Kisangani devient alors le Campus de Kisangani.
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C'est à cette époque que le campus se spécialise fortement dans les sciences de l'éducation et les sciences sociales, conformément à la politique de répartition des domaines d'études entre les villes du pays.
3. L'Autonomie et la naissance de l'UNIKIS (1981)
En 1981, une nouvelle réforme décentralise l'UNAZA. Les trois grands campus redeviennent des universités autonomes. C'est la naissance officielle de l'Université de Kisangani (UNIKIS) telle qu'on la connaît aujourd'hui. Elle récupère sa pleine autorité administrative et commence à diversifier ses facultés (Médecine, Droit, Sciences, etc.).
4. Une Résilience à toute épreuve (Années 1990 - 2000)
L'histoire de l'UNIKIS est aussi celle de son courage. Durant les conflits qui ont touché l'Est de la RDC (notamment la Guerre des Six Jours en 2000), l'université a été gravement touchée. Cependant, grâce à la détermination de son corps professoral et de ses étudiants, elle n'a jamais fermé ses portes, devenant un symbole de résistance intellectuelle.
5. L'UNIKIS Aujourd'hui : Un Leader de la Biodiversité
Depuis les années 2010, l'université a entamé une phase de modernisation intense. Elle est devenue le centre névralgique de la recherche environnementale en Afrique Centrale, notamment avec l'inauguration de centres de recherche internationaux sur la forêt et la biodiversité, consolidant sa réputation mondiale.
